学校法人「森友学園」に国有地が、ごみの撤去費用として鑑定価格から約8億2000万円値引きされて売却された問題をめぐり、会計検査院は検査結果を国会に提出した。値引き額の算定方法については「十分な根拠が確認できない」と指摘した上、独自に行った複数の推計では、ごみの量について国交省の推計の3～7割にとどまり、「慎重な調査検討を欠いていた」と指摘し改善を求めた。また、資料が保存されていないため「検証が十分に行えない」とし、財務省や国交相に対して文書管理の在り方などについて改善を求めた。
一方、政治家からの働きかけや行政の忖度があったかどうかについては触れていない。